Τ' όνομα του χωριού προήλθε από τον βυζαντινό γεωκτήμονα της περιοχής Κοντέα, που η παράδοση τον θέλει Πελοποννήσιο στην καταγωγή. Η ίδια παράδοση αναφέρει ότι και ο παρακείμενος χείμαρρος Χαντριάς οφείλει τ' όνομά του σ' έναν άλλον βυζαντινό γεωκτήμονα τον Χανδρέα, επίσης Πελοποννήσιο. Το τοπωνύμιοπρωτοαναφέρεται το 1329 σαν "Παλαιοκάστελλο του Κοντέα". Απ' την ονομασία φαίνεται πως υπήρχε από παλιότερα.
Το χωριό, κατά τον Ν. Λυμπέρη, αρχικά βρισκόταν κοντά στη θάλασσα και εγκαταλείφθηκε λόγω των πειρατών γύρω στο 1600. Στη παλιά περιοχή απομένει μόνο ένα ερειπωμένο κάστρο, το οποίο ταυτίζεται με το αναφερόμενο από το 1346 κάστρο του Εξαδάκτυλου.
Στη νέα του θέση το χωριό κτίστηκε γύρω από τον λόφο του Αγίου Αθανασίου, πάνω στον οποίο υπήρχε μοναστήρι που ανήκε στη Μ. Λαύρα πριν την Άλωση της Πόλης, τουλάχιστον από το 1346. Εκτός από το μονύδριο του Αγ. Αθανασίου, στη Μ. Λαύρα ανήκε και εκκλησάκι, "το καλούμενον Δεσποτικόν εν χώρα Κοντιά". Αυτό επιβεβαιώνεται από πατριαρχικά έγγραφα του 1565 (Πατρ. Μητροφάνης), του 1615 (Πατρ. Τιμόθεος Β') και του 1631, δημοσιευμένα από τον Β. Ατέση και τον Κ. Σάθα. Το κάστρο του Κοντιά εθεωρείτο από τα σημαντικότερα της Λήμνου σ' όλη τη διάρκεια του μεσαίωνα και της τουρκοκρατίας. Αυτό επισημαίνεται από πολλούς περιηγητές.
Κοντά στον Κοντιά υπήρχαν κι άλλες μοναστηριακές περιουσίες, στου Ζυματά ή Ζευγματά (1323, Μ. Παντοκράτορος), του Λούλη και στον Κάκκαβο (1355, Μ. Λαύρα) καθώς και "ο Βουνός Τύπος" (ο λόφος Τύπος) δίπλα στο χωριό.